Когда используется несколько баз, с одинаковым названием, но с отличающимися конфигурациями (тест, продакшен и т.д.) привязка пути идет по заголовку конфигуратора. Поэтому у конфигураций с одним заголовком путь в файлам постоянно слетает.

Варианты решения.

1. Менять папку поиска каждый раз при смене базы.
2. Добавить возможность искать в нескольких папках, с ветками в дереве поиска
3. Добавить ИмяИб в ключ, в котором хранится путь к файлам.