Хочется добиться полной автоматики в вопросе распределения процедур и функций по областям. Весь текст ниже касается только процедур и функций, которые не распределены ни в какие области.

Какой алгоритм ожидается:

1. Идентифицируется тип модуля (формы / объекта / менеджера по открытому окну). То есть первое окошко открываем только если автоматически не удалось идентифицировать
2. Все стандартные предопределенные функции типа ПередЗаписью, ПриЗаписи, ПриСозданииНаСервере - помещаем в свои типовые разделы
3. Все неэкспортные функции - в раздел служебные
4. Считываем данные по командам формы - и процедуры и функции помещаем в область "ОбработчикиКомандФормы"
5. Считываем данные реквизитов формы - и генерируем по табличным типов данных (по Дин.Спискам, таблицам формы, табличным частям) и переносим функции, название которых соответствует наименованию реквизитов в соответствующую область.
6. Те процедуры которые не смогли определить - остаются нетронутыми и помещаются в самый конец модуля.

В идеале - при генерации нового модуля сразу помещать его в соответствующую область. Это было бы максимально удобно.