В файловой базе можно через зеркало запустить второй конфигуратор, максимально уменьшить его окно и слать туда команды для создания отчета по метаданным. Возможно получится сделать это, не блокируя работу пользователя.
Это поможет в случае большой конфигурации, где выгрузка отчета длится более 30 секунд.