У меня есть команда с нестандартным сочетанием клавиш (хотеем). Активировал ее строку и нажал "По умолчанию", чтобы вернуть ей стандартный хоткей. В нижнем поле "Комбинация" теперь отображается стандартное сочетание, но в списке все еще старое сочетание.
После переоткрытия окна настроек проблема исчезает, т.е. в списке отображается новое сочетание.